1 maja 2004 r. Polska stała się pełnoprawnym członkiem Unii Europejskiej. Od tego momentu polskie instytucje kultury mogą swobodnie korzystać ze wsparcia przy realizacji przygotowanych przez siebie projektów, w ramach Funduszy Europejskich. Muzeum Pałacu w Wilanowie od samego początku skutecznie pozyskuje i wykorzystuje dotacje, dzięki którym może lepiej zabezpieczać oraz udostępniać bezcenne zabytki zgromadzone w pałacu wilanowskim, a także rewitalizować wilanowskie ogrody. Dzięki dotacjom udało się również unowocześnić muzeum i sprawić, by było bardziej przyjazne i jeszcze bardziej interesujące dla gości.
Projekt, który ruszył w 2017 roku i potrwa do końca roku 2019 jest dla Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie najważniejszym zadaniem rewaloryzacyjnym od momentu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej.
Dzięki środkom MF EOG w latach 2014–2016 muzeum realizuje projekt „Edukacja społeczna w konflikcie urbanizacyjno-ekologicznym na terenie Muzeum Pałacu w Wilanowie”
Projekt objął aż 26 zadań z zakresu konserwacji, badań naukowych, edukacji, cyfryzacji, popularyzacji, rekonstrukcji, które zostały zrealizowane w rekordowo krótkim czasie - od października 2014 roku do września 2015 roku.
W ramach projektu przywrócono porządek szaty roślinnej przedpola, wymieniono nawierzchnie alejek na gruntowe, wprowadzono meble parkowe licujące z pierwotnym, ogrodowym charakterem przedpola.
Rezultaty projektu to m.in.: odnowienie dużej części elewacji barokowego pałacu, kopie rzeźb i posągów, badania mikrobiologiczne i prace archeologiczne, a także nowy obiekt: Pawilon Rzeźby.
Projekt objął m.in.: rewitalizację części ogrodów, konserwację komnat królewskich, prace archeologiczne, działania zabezpieczające, prace digitalizacyjne.
Projekty NFOŚiGW objęły Ogrody: Wschodni, Różany, Północny, przy Oranżerii, angielsko-chiński, park boskietów, nabrzeża przy boskietach tarasu dolnego oraz przy Pompowni, a także zakup profesjonalnego sprzętu ogrodniczego.
W 2013 r. dzięki inicjatywie MKiDN został powołany Program Generalnego Konserwatora Zabytków: Rewitalizacja obiektów i konserwacja kolekcji Muzeów Rezydencji Królewskich, którego beneficjentem jest także Muzeum Pałacu w Wilanowie.
Stan techniczny Pokojów Chińskich i Pokojów Myśliwskich pałacu w Wilanowie był fatalny. Dofinansowanie ze środków unijnych pozwoliło na podjęcie prac konserwatorskich. W rezultacie te wspaniale odrestaurowane wnętrza znów mogą cieszyć oczy gości z całego świata.