W latach 2013-2015 Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie wchodziło w skład porozumienia Muzeów Rezydencji Królewskich Pomników Historii. Należały do niego również: Muzeum Łazienki Królewskie w Warszawie, Zamek Królewski na Wawelu – Państwowe Zbiory Sztuki, Zamek Królewski w Warszawie – Pomnik Historii i Kultury Narodowej.
28 listopada 2013 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Bronisław Komorowski objął inicjatywę honorowym mecenatem. Wcześniej, 21 sierpnia 2012 roku, w obecności Dyrektora Departamentu Dziedzictwa Kulturowego MKiDN Jacka Milera Muzea Rezydencje Królewskie zawarły Porozumienie o współpracy.