Die Ostseepolitik des Königs Johann III. betrifft in erster Linie das Herzogtum Preußen. Wie man weiß, war es seit dem berühmten Lehnseid des Albrecht Hohenzollern, des letzten Hochmeisters des Deutschen Ordens und ersten weltlichen Herzogs in Preußen, das er im Jahre 1552 dem polnischen König Sigismund d. Alten gegeben hatte, Lehen der Könige von Polen. Entgegen dem Krakauer Vertrag in dem, beim Aussterben der männlichen Nachkommen von Albrecht, das Herzogtum Preußen dem Königreich Polen (Rzeczpospolita) einverleibt werden sollte, war König Sigismund III. damit einverstanden, dass das preußische Lehen durch die brandenburgischen Hohenzollern übernommen wird. Wie falsch diese Entscheidung war, zeigte es sich während der der sog. „schwedischen Sintflut“. Herzog Friedrich Wilhelm von Hohenzollern, genannt großer Kurfürst, hat nicht nur Schweden unterstützt, sondern unternahm auch einen Versuch, den preußischen und brandenburgischen Teil seines Staates zu vereinigen indem er sich an Verhandlungen zum Vertrag von Radnot (Siebenbürgen) beteiligte. In diesem Vertrag war die Aufteilung des polnischen Staates (Rzeczpospolita) vorgesehen, aber glücklicherweise wurde er nicht ausgeführt. In den Verträgen von Wehlau und Bromberg 1657 wurde Friedrich Wilhelm für das Ausscheiden aus dem schwedischen Lager, mit der Entlassung aus der Lehnsabhängigkeit belohnt. In dem geheimen Vertrag von Jaworów, unterzeichnet im Jahre 1675 zwischen König Johann III. und dem Gesandten des französischen Königs Luis XIV hat man explizit erwähnt, dass Herzogtum Preußen ein „ein altes Lehen der Krone Polens sei, dessen Unabhängigkeit jener Lehnsmann [Friedrich Wilhelm] von dem verstorbenen König Johann Kazimierz erpresst hatte, als dieser sich im Krieg [gleichzeitig] gegen Schweden und Moskau befand.“ Johann III., allgemein hauptsächlich als Sieger über Türken und Tataren bekannt, interessierte sich aber auch für die Problematik der Ostseeregion, etwa durch die Pacht des Landkreises Mewe (Gniew) an der unteren Weisel (ein günstiger Handelsplatz mit Danzig) und des Landkreises Putzig (Puck). Sobieski betrachtete die Verträge von Wehlau und Bromberg als einen großen Fehler der polnischen Diplomaten. Um diesen Fehler zu beheben, knüpfte er Kontakte nach Krankreich an, das Brandenburg und gesamtes Reich vom Westen her umzingelte und ein wichtiger Bündnispartner war. Diese Anschauung war das Ziel des Vertrages von Jaworów. Der französische Botschafter, der im Namen des Sonnenkönigs den Vertrag unterzeichnete, erkannte das Recht Polens auf Rückerstattung des Herzogtums Preußen und sicherte systematische Finanzmittel für Johann III. beim etwaigen Ausbruch des polnisch-brandenburgischen Krieges zu. Zwei Jahre später wurde ähnlicher antibrandenburgischer Vertrag in Danzig mit Vertretern den schwedischen Königs Karl XI. geschlossen.
Aber jede militärische Aktion gegen Brandenburg verlangte nach einem vorherigen Friedenschluss mit dem osmanischen Imperium. Nach Feldzügen der Jahre 1675-1676 gelang es Sobieski einen Waffenstillstand von Żurawno zu unterzeichnen. Das Abkommen enthielt harte Bedingungen: die Türkei konnte fast alle im Krieg 1672 eroberten polnischen Gebiete behalten, dafür aber bekam die Adelsrepublik (Rzeczpospolita) nach 28 Jahren fast ununterbrochenen Krieges einen längeren Frieden, der die Chance eröffnet hatte, die baltischen Pläne Sobieski zu realisieren. Hätte man seine Pläne verwirklich, wäre die tödliche brandenburgische Gefahr einer Zange in der Weichselmündung beseitigt und das den Hohenzollern entrissenes Herzogtum wahrscheinlich zum Erbherzogtum der Familie Sobieski geworden, und wer weiß, vielleicht auch ein [dynastischer] Sprungbrett auf den polnischen Thron. Die Geschichte ist aber anders verlaufen. Die antikönigliche Opposition hat diese visionären Pläne mit viel Geld torpediert, die ihr der brandenburgische Botschafter zur Verfügung gestellt hatte. Und Frankreich? Frankreich, selbst durch die Kriege gegen die Koalition (u.a. mit Beteiligung Brandenburgs) erschöpft, hat ebenfalls einen Friedensschluss unterzeichnet. Der polnische Bündnispartner wurde nicht länger gebraucht.
Auf königlicher Ostseepolitik stützt sich die Intervention Johanns III. in Danzig wegen des Streits zwischen dem Stadtrat und dortigen Handwerkern. Anlässlich seins Besuchs in der Stadt an der Mottlau versuchte er die königlichen Rechte gegenüber der dem Stadtrat zu stärken, musste jedoch später seine Ansprüche zurückziehen.
Johann III. und Maria Casimiera führten auch eine selbständige Handelspolitik, insbesondere dort, wo sie Weizenkorn nach Frankreich exportieren konnten. Wegen der Monopolstellung Danzigs (polnisch: Gdańsk – Chłańsk, etwa: Danzig immer gierig) beabsichtigte das Königspaar einen zweiten Hafen in Schemaitien (Niederlitauen) bei Palangen (Połąga) zu errichten. Es gelang ihnen aber nicht, ihr Vorhaben umzusetzen und Danzig behielt seine Stellung als wichtigstes Handelszentrum der Adelsrepublik (Rzeczpospolita).
