Pierwszy drewniany kościół pw. św. Leonarda powstał w Wilanowie w XIV w. W XVI w. pobudowano na jego miejscu kościół drewniany, późnogotycki, z wolnostojącą dzwonnicą. W końcu w 1772 r. drewniany kościół zastąpiła murowana świątynia pw. św. Anny. Kościół ufundował książę August Adam Czartoryski ówczesny właściciel Wilanowa. Projekt budowli wykonał architekt Jan Kotelnicki.
W latach 1857–1870 kościół został przebudowany i powiększony przez hrabiostwo Aleksandrę i Augusta Potockich. Prace budowlane nadzorował autor projektu architekt Henryk Marconi, który nadał kościołowi formę neorenesansową. Do nawy głównej dobudowano wówczas prezbiterium oraz dwie kaplice: Najświętszej Maryi Panny i Świętej Anny. W przebudowie kościoła brało udział wielu znanych wówczas artystów (malarzy, rzeźbiarzy, architektów). W Archiwum Głównym Akt Dawnych w Warszawie zachował się dokument inwentaryzujący najcenniejsze dzieła sztuki, jakie znalazły się w kościele wilanowskim po wspomnianej przebudowie.
Archiwum Główne Akt Dawnych w Warszawie, Archiwum Gospodarcze Wilanowskie (w skrócie: AGWil), dział XIII: „Biuro Centralne Augustowej Potockiej”, sygn. 47, s. 134–137 (dokument niedatowany, najprawdopodobniej z początku lat 70. XIX w.):
Wiadomości o dziełach sztuki w kościele Willanowskim
Ołtarz wielki, wykonany przez A[lexandra] Sikorskiego[1] i Leonarda Marconiego[2], zdobi obraz stary z 16o wieku, szkoły włoskiej, który był niegdyś w kaplicy zamkowej X[siąż]ąt Lubomirskich na Wiśniczu[3] restaurowany przez P[ana] Jacentego Sachowicza[4];
drzwiczki do tabernakulum są wyrobem Rzymskim;
antependium ołtarza mozaika Rzymska;
lichtarze podług wzoru z kościoła P[anny] Marii w Krakowie[5];
krzyż starożytny z Florencji;
lampa i łańcuch starożytne Weneskie;
ballustrada z marmuru Bardilio i czerwonego węgierskiego, drzwiczki w niej bronzowe, wyrób Rotha w Warszawie.
Pod kopułą posadzka z okrągłych tafli granitu Egipskiego rżniętych z pozostałych kolumn ze świątyni pokoju cesarza Adriana w Rzymie.
W kaplicy N[ajświętszej] P[anny] Marii:
ołtarz drewniany stary z kaplicy zamkowej[s. 135] X[siąż]ąt Lubomirskich z Wiśnicza, odnowiony przez Wal[demara] Jodłowskiego[6] w Warszawie;
obraz w nim pomysłu Ojca Ś[więteg]o Grzegorza XVIo[7], opisany w bulli nadania Arcybractwa nawrócenia grzeszników, penzla sławnego malarza religijnego Kupelwiesera[8];
pomniki marmurowe, z dwoma portretami Leona Biedrońskiego[9], wykonane przez Leonarda Marconiego;
w pomniku ś[więtej] p[amięci] Amelii Potockiej[10] starożytna terra cotta Lucca de la Robbia.
W kaplicy S[wię]tej Anny:
ołtarz alabastru naddniestrzańskiego, antepedium stare z kaplicy Wiśnickiej;
obraz ś[wię]tej Anny malowany przez Nowotnego[11] podług freska Pinturichckiego[12] w San Pietro in montorio w Rzymie, z kompozycji niegdyś egzystującej Leonarda da Vinci[13];
obrazek Serca Pana Jezusa przez Postępskiego[14], kopia z oryginału Pompea Baltoni[15] w Rzymie, w kościele al. Jesu;
freski komponowane i malowane[s. 136] przez Antoniego Kolberga[16] Warszawianina.
Ambona z alabastru Naddniestrzańskiego wykonana przez Leonarda Marconiego w Warszawie.
Ołtarz w nawie bocznej na prawo: stuk L[onarda] Marconiego, marmur A[lexandra] Sikorskiego antepedium z marmurów Palermitańskich.
Chrystus marmurowy, aniołki i płaskorzeźba dłuta Henryka Statlera[17].
Ołtarz w nawie lewej: stuk również L[eonarda] Marconego, marmur A[lexandra] Sikorskiego, antependium z marmurów Palermitańskich, obraz ś[wię]tej Barbary i obraz ś[więteg]o Józefa, patronów dobrej śmierci, kompozycji i penzla Fr[anciszka] Drewczyńskiego[18] Warszawianina, dziś fra Angelies, braciszka zakonu o[jców] Dominikanów ś[wię]tej Sabiny w Rzymie.
Konfesjonały zmniejszone podług wzoru z kościoła ś[więteg]o w Rzymie.
Chrzcielnica z dawnego kościoła z Willanowa.
Drzwi kratowane wewnątrz i zewnątrz kościoła ze ślusarni Willanowskiej, roboty Jana Trojanowskiego[19].
W zakrystyi popiersie Ojca Ś[więteg]o Piusa IXo[20][s. 137] wykonane przez Leonarda Marconiego;
szafy i roboty z drzewa ze stolarni Willanowskiej, wykonane pod nadzorem Raczyńskiego[21].
Malowanie kościoła przez Edwarda Gąseckiego[22].
Organy zaczęte przez ś[więtej] p[amięci] Mielczarskiego[23], dokonane przez Józefa Szymańskiego[24].
Kościół ten podług planów ś[więtej] p[amięci] Henryka Marconiego[25], po śmierci jedgo wykończył Leonardo Marconi.
[1] Aleksander Sikorski – polski rzeźbiarz, znany z tego że w 1880 roku pobudował w Warszawie pałac, znany dzisiaj jako Pałacyk Sikorskiego (ul. Srebrna 12), przy którym wzniósł zakład kamieniarski.
[2] Leonard Marconi (1835–1899) – polski rzeźbiarz, syn włoskiego rzeźbiarza Ferrante Marconiego, bratanek architekta Henryka Marconiego. Zajmował się głównie rzeźbą architektoniczną, nagrobną i portretową. Jego ważniejsze dzieła to: epitafium wykute w marmurze kararyjskim umieszczone w 1880 r. na jednym z filarów bazyliki św. Krzyża w Warszawie, w miejscu wmurowanej urny z sercem Fryderyka Chopina, pomnik Tadeusza Kościuszki w Krakowie (znajduje się na Wawelu), wystrój Pałacu Kronenberga w Warszawie.
[3] Wiśnicz – miasteczko, pow. bocheński, Galicja.
[4] Osoba bliżej nierozpoznana.
[5] Kościół archiprezbiterialny pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, zwany także kościołem Mariackim – kościół gotycki, wybudowany w XIV i XV wieku. Położony jest przy północno-wschodnim narożniku Rynku Głównego, na Placu Mariackim 5.
[6] Osoba bliżej nierozpoznana.
[7] Grzegorz XVI, właściwie Bartolomeo Alberto Cappellari (1765–1846) – włoski duchowny katolicki, kameduła, papież w okresie od 2 lutego 1831 do 1 czerwca 1846.
[8] Leopold Kupelwieser (1796–1862) – austriacki malarz. Jego ważniejsze dzieła to: Cesarz Franciszek II (I) w dniu koronacji (Wiedeń, Muzeum Historii Wojskowości), ołtarz w kościele w Pécs (Węgry), Maryja Niepokalana (Wiedeń, Kościół Świętego Piotra), Serce Jezusa (Wiedeń, Kościół Świętego Piotra), Ukrzyżowanie (Wiedeń, kościół parafialny Lichtental), Ustanowienie święta Różańca przez papieża Grzegorza XIII. (Wiedeń, Kościół św Augustyna) wysoki ołtarz.
[9] Leon Biedroński (1837–1907) – polski malarz. Jego najsławniejszy obraz to Portret Walerego Mroczkowskiego „Ostrogi”, powstańca (Muzeum Narodowe w Warszawie).
[10] Józefina Amalia Potocka z Mniszchów (1752-1798) – malarka-amatorka, kolekcjonerka obrazów, żona wojewody ruskiego i chorążego wielkiego koronnego Stanisława Szczęsnego Potockiego.
[11] Leopold Nowotny (1818–1870) – polski malarz obrazów o tematyce religijnej. Programowo nawiązywał do dzieł malarzy włoskich XIV i XV w. Jest m.in. autorem ołtarza z obrazem Matki Boskiej Dobrej Rady w kaplicy św. Moniki w kościele św. Katarzyny Aleksandryjskiej i św. Małgorzaty w Krakowie.
[12] Pinturicchio, właściwie Bernardino di Betto (1454–1513) – malarz włoski. Jego ważniejsze dzieła to: Ukrzyżowanie z św. Hieronimem i św. Krzysztofem (Galeria Borghese, Rzym), Koronacja Piusa II, fresk (Katedra w Sienie), przypisuje mu się także freski Podróż Mojżesza oraz Chrzest Chrystusa w kaplicy Sykstyńskiej.
[13] Leonardo da Vinci (1452–1519) – włoski renesansowy malarz, architekt, filozof, muzyk, pisarz, odkrywca, matematyk, mechanik, anatom, wynalazca, geolog. Jego ważniejsze dzieła to: Mona Lisa (Luwr), Dama z gronostajem (Muzeum Książąt Czartoryskich w Krakowie), Ostatnia wieczerza (Santa Maria delle Grazie).
[14] Ignacy Roman Postępski (1808–1878) – polski malarz, powstaniec 1830, działacz emigracyjny.
[15] Pompeo Girolamo Batoni (1708–1787) - włoski malarz, w twórczości naśladował Rafaela. Malował portrety książąt i goszczących we Włoszech cudzoziemców oraz obrazy o tematyce religijnej, mitologicznej oraz alegorycznej. Jego ważniejsze dzieła to: Święta Rodzina ze św. Elżbietą i Janem Chrzcicielem (Muzeum Ermitażu, Sankt Petersburg), Święta rodzina (Capitoline Museums, Rome), Diana i Amor (Metropolitan Museum of Art, New York), Papież Pius VI (Museo di Roma a Palazzo Braschi, Rome).
[16] Antoni Karol Kolberg (1815–1882) – polski artysta malarz. Twórca klasycystycznych obrazów religijnych, rodzajowych i portretów, a także dekoracje ścienne, m.in. w kościele w Wilanowie. Znany głównie z tego, iż n podstawie jego rysunku przedstawiającego pokój w mieszkaniu Chopinów przy ulicy Krakowskie Przedmieście został zrekonstruowany Salonik Chopinów (Oddział Muzeum Fryderyka Chopina w Pałacu Czapskich, obecnie gmach Akademii Sztuk Pięknych).
[17] Henryk Stattler (1834–1877) – polski rzeźbiarz, jego ulubionym materiałem był biały marmur. Jego najbardziej znane dzieła to: popiersie Gen. Józefa Chłopickiego (Muzeum Narodowym w Warszawie), popiersie biskupa Jana Dekerta (Cmentarz Powązkowski w Warszawie), kompozycja religijna Niewinność (Muzeum Narodowe w Warszawie).
[18] Jan Angelik Drewaczyński (1826–1899) – malarz, autor wielu obrazów religijnych, m.in. obrazu ołtarzowego w kaplicy św. Józefa w Bazylice Świętej Trójcy w Krakowie.
[19] Osoba bliżej nierozpoznana.
[20] Pius IX, właściwie Giovanni Maria Mastai Ferretti (1792–1878) − papież w okresie od 16 czerwca 1846 do 7 lutego 1878, błogosławiony Kościoła katolickiego.
[21] Osoba bliżej nierozpoznana.
[22] Osoba bliżej nierozpoznana.
[23] Mateusz Mielczarski (1812–1868) – polski organmistrz. Twórca ponad 100 organów, m.in. w: kościele św. Jadwigi Śląskiej w Buczynie, kościele św. Izydora w Marianowie, kościele św. Jana Chrzciciela w Warszawicach.
[24] Józef Szymański (1828–1892) – polski organmistrz, uczeń Mateusza Mielczarskiego, jako pierwszy w Polsce, wybudował organy wyposażone w wiatrownicę stożkową. Zbudowane przez niego znajdują się m.in. w: kościele św. Jana na Bródnie w Warszawie, kościele św. Mikołaja BM w Tarczynie, kościele Narodzenia NMP w Popowie, kościół św. Jacka i św. Doroty w Piotrkowie Trybunalskim.
[25] Henryk Marconi (1792–1863) – polski architekt pochodzenia włoskiego, przedstawiciel klasycyzmu, jeden z najwybitniejszych polskich architektów pierwszej połowy XIX wieku. Jego ważniejsze dzieła to: Kościół św. Karola Boromeusza w Warszawie, Hotel Europejski w Warszawie, kościół św. Anny w Wilanowie, grobowiec Stanisława Kostki Potockiego i jego żony Aleksandry w Wilanowie.