Silva Rerum Winniki, Żółkiew, Nestorow, Żowkwa to kolejne nazwy starej ruskiej miejscowości, która swoją świetność zawdzięcza hetmanowi Stanisławowi Żółkiewskiemu. On to uzyskał od Zygmunta III prawa miejskie dla osady, którą nazwał Żółkwiew. Szybko został wzniesiony wspaniały zamek i inne budynki użyteczności publicznej, takie jak szkoła czy szpital. Powstały również świątynie dla trzech głównych konfesji w mieście: katolików, prawosławnych i Żydów. Bezpieczeństwo mieszkańcom zapewniały potężne fortyfikacje.
Najważniejszym obiektem w mieście, obok zamku, była umieszczona przy rynku kolegiata pod wezwaniem świętych Wawrzyńca i Stanisława, która spełniała rolę rodowego mauzoleum Żółkiewskich. Tu właśnie znajduje się podwójny nagrobek hetmana Stanisława Żółkiewskiego i jego syna Jana. Losy obydwu przypieczętowała nieszczęsna wyprawa cecorska z 1620 roku. Sędziwy hetman poległ w przegranej bitwie, zaś jego ranny syn trafił do niewoli. Wykupiony wrócił do domu, ale dramatyczne przeżycia doprowadziły do jego przedwczesnej śmierci. Ostatnich przedstawicieli rodu Żółkiewskich pochowano w farze, a na ich nagrobku umieszczono cytat z Eneidy Wergilusza: „Powstanie kiedyś z kości naszych mściciel”.
Słowa okazały się wyrocznią, ponieważ po wygaśnięciu rodu Żółkiewskich ich dobra odziedziczyli najpierw Daniłłowiczowie, a później Sobiescy. To właśnie na czasy tych ostatnich przypadła największa świetność miasta.
Ślady po Sobieskich są nadal widoczne. Są to nagrobek Jakuba Sobieskiego, ojca króla Jana III i kościół oraz klasztor Dominikanów wzniesiony przez królewską matkę Teofilę z Daniłłowiczów Sobieską. Fundacja ta miała upamiętniać nieszczęsną śmierć syna Marka od tatarskiego noża pod Batohem. Wykupione ciało zostało złożone właśnie w dominikańskim kościele, podobnie jak i zwłoki Teofili. Po II wojnie światowej zwłoki matki i syna wywieziono do Polski. Obecnie znajdują się w dominikańskim kościele w Krakowie.
Po śmierci Marka, jedynym dziedzicem tradycji i majątku Żółkiewskich, Daniłłowiczów i Sobieskich został Jan. Kiedy został wybrany na króla, miasto wielokrotnie pełniło funkcję monarszej rezydencji. W żółkiewskiej rezydencji Jan III udzielał audiencji zagranicznym dyplomatom.
Po Sobieskich, żółkiewskimi włościami władali Radziwiłłowie. W 1787 roku zostały one rozsprzedane, by zaspokoić roszczenia wierzycieli. Niegdyś świetna rezydencja monarsza popadała w ruinę. W części działały austriackie urzędy, część zaś rozebrano w celu pozyskania budulca. Wreszcie po I wojnie światowej w zamkowych murach umieszczono Gimnazjum im. Stanisława Żółkiewskiego.
Ostatnia wojna była wstrząsem dla miasta. Miejsce dotychczasowej ludności polskiej zajęli Ukraińcy. Zmieniono także nazwę miasta na Nestorow, ale po uzyskaniu przez Ukrainę niepodległości powrócono do historycznej nazwy Żółkiew.