Nowożytne biblioteki są niezwykle ciekawym źródłem informacji o tym, co czytali kiedyś ludzie, co ich interesowało i do jakich tekstów mieli dostęp. Zaskakujące jest, jak przy znacznie skromniejszych niż dziś możliwościach komunikacyjnych, udawało się w Europie nowożytnej stworzyć za pośrednictwem książek przestrzeń do sprawnej wymiany informacji. Dzięki katalogowi biblioteki Sobieskich w Żółkwi z 1699 roku możemy dowiedzieć się wiele o tym, jakie zagadnienia dostępne były królowi do studiowania.
Wśród licznych ksiąg królewskich pokaźną grupę zajmowały publikacje dotyczące tematyki religijnej. Były wśród nich studia historyczne przedstawiające dzieje i doktrynę islamu, judaizmu i różnych wyznań chrześcijańskich. Nie brakowało też książek służących pobożności: modlitewników, mszałów, biblii ilustrowanych, komentarzy egzegetycznych, literatury ascetycznej, a także takich, które dotyczyły szczegółowych zagadnień teologicznych. Katalog sugeruje również, że król mógł być na bieżąco ze współczesnymi kontrowersjami religijnymi w obrębie chrześcijaństwa.
Jedną z nich był spór między francuskimi jezuitami a jansenistami – członkami ruchu religijnego zainspirowanego teologią Corneliusa Jansena (1585–1638), teologa z uniwersytetu w Lowanium. O awanturze między tymi dwoma środowiskami było głośno we Francji i Niderlandach, a jej protagoniści nie przebierali w środkach, żeby przekonać do swoich racji zarówno władze kościelne, jak i opinię publiczną. Co więcej, rozstrzygnięcie tego sporu miało duże znaczenie dla oficjalnej teologii i nauki moralnej Kościoła katolickiego. Katalog żółkiewski zawiera kilka tytułów, które związane są z tą historią.
Le Paradis ouvert a Philagie par cent devotions à la Mere de Dieu, aisées à pratiquer [Raj otwarty dla Filagii za pomocą stu dewocji do Matki Boskiej, łatwych do wykonania] to niepozorny modlitewnik maryjny, ułożony i wydany przez jezuitów w Paryżu w 1636 roku. Książeczka Paula de Barry’ego cieszyła się w XVII wieku dużą popularnością, o czym świadczą wielokrotne wznowienia, a także tłumaczenia na łacinę, włoski i niemiecki. I nie byłoby pewnie w niej nic szczególnego, gdyby nie tekst, który poświęcił jej Blaise Pascal (1623-1662).
Filozof w latach 1656-57 opublikował osiemnaście Listów pisanych do mieszkańca prowincji, zwanych potocznie Prowincjałkami. Były to błyskotliwe, złośliwe pamflety skierowane przeciw jezuitom, które Pascal publikował sukcesywnie w formie pojedynczych listów, choć tworzą one pewną spójną całość. Doprowadzał w nich do absurdu jezuicką teologię moralną, którą uważał za zbyt pobłażliwą dla ludzkiej słabości. Wyśmiewał w nich również właśnie Le Paradis ouvert, zwracając uwagę na tytułową „łatwość do wykonania”. W dziewiątej prowincjałce Pascal przedstawia jezuitę, który przekonuje, że nawet byle jakim aktem pobożności, choćby wykonanym od niechcenia lub z wielką łatwością, człowiek może odpokutować swoje grzechy i zapewnić sobie zbawienie. W ten sposób modlitewnik urósł do rangi symbolu pewnego podejścia do wiary, krytykowanego przez Pascala.
Prowincjałki są najbardziej znanym i wyrazistym świadectwem sporu między jansenistami a jezuitami. Zaczął się on w 1640 roku, wraz z pośmiertną publikacją Augustinusa Jansena. Jak wskazuje sam tytuł, teolog inspirował się pismami św. Augustyna. Interesowała go Augustyńska teologia łaski i jego spór z Pelagiuszem. Upraszczając jak najbardziej: Pelagiusz zakładał, że mimo grzechu pierworodnego, człowiek jest w pełni zdolny do samodzielnego wyboru dobra, w związku z czym sam jest w stanie zasłużyć na zbawienie. Sprzeciwiając się tym tezom, Augustyn podkreślał rolę i konieczność łaski bożej, która uzdalnia człowieka do dobrych wyborów. Jest to dla teologii problem fundamentalny, dlatego ten słynny spór wielokrotnie powracał w historii zachodniego chrześcijaństwa, m.in. za czasów reformacji czy też właśnie kontrowersji jansenistycznej.
Jansen i jego uczniowie uważali, że Kościół w trakcie sporu z ewangelikami wypracował teologię, która zbyt optymistycznie opisuje naturę ludzką i możliwość podejmowania samodzielnych decyzji moralnych. Według nich człowiek po grzechu pierworodnym jest na tyle pogrążony w złu, że jedynie szczególna interwencja łaski bożej jest w stanie pociągnąć go do dobrych uczynków. W konsekwencji janseniści stali się wielkimi orędownikami ascezy i surowej moralności oraz przeciwnikami częstego przystępowania do sakramentów.
Mimo skandalu, jaki wybuchł po publikacji Augustinusa, tezy Jansena zyskały również swoich sympatyków, którzy żyli zgodnie założeniami wypracowanej przez niego teologii i zaangażowali się w jej obronę. Głównym ośrodkiem jansenistów było podparyskie opactwo Port-Royal, którym kierowała Marie Angélique Arnauld. Jej brat, Antoine Arnauld, teolog z Sorbony, stał się najważniejszym apologetą doktryny jansenistycznej.
W latach czterdziestych napisał traktat De la fréquente communion [O częstej komunii, 1643] oraz Théologie morale des Jésuites [Teologia moralna jezuitów, 1643] – wielką krytykę teologii moralnej uprawianej przez Towarzystwo Jezusowe. Sprzeciw Arnaulda budziła propagowana przez jezuitów kazuistyka, wedle której oceny moralnej czynu należy dokonać oddzielnie dla każdego przypadku (łac. casus). Kierując się ogólnymi zasadami, należy w konkretnych okolicznościach rozeznać, co wolno czynić, a co byłoby grzechem. Okoliczności i intencje miałyby również wpływać na ocenę jakości grzechu, kwalifikując go jako ciężki lub lekki. Takie podejście zostało ostatecznie przyjęte przez Kościół i stało się ważnym zwrotem w jego nauczaniu. Dla jansenistów jednak było niedopuszczalne – według nich dawało pole do zbyt łatwego usprawiedliwiania się i szukania wymówek.
W 1653 bullą Cum occasione papież potępił wybrane tezy jansenistyczne. Kiedy więc dwa lata później Arnauld znów wystąpił jako rzecznik ortodoksyjności jansenizmu, spór skupił się na jego osobie. Właśnie w jego obronie Pascal zaczął wydawać Prowincjałki. Mimo ich popularności wynik kontrowersji był dla Arnaulda niekorzystny – w 1656 roku został usunięty z Sorbony. Nie przestał jednak pisać. Spod jego pióra wyszło między innymi La Perpétuité de la foy de l’Eglise catholique touchant l’Eucharistie [Trwałość wiary Kościoła dotyczącej Eucharystii,1670]. Jego egzemplarz znajdujemy w katalogu żółkiewskiej biblioteki.
Innymi śladami tego sporu są dwa antyjezuickie pamflety. Pierwszy to sześciotomowe wydawnictwo autorstwa Sébastiena Josepha du Cambout de Pontchâteau: La morale pratique des Jésuites [Praktyka moralna jezuitów]. Pierwsza część wydana została w Kolonii w 1669 roku. Był to zbiór fikcyjnych historii o misjach prowadzonych przez jezuitów. Przedstawione jako prawdziwe świadectwa przywiezione z dalekich krajów miały oczerniać zakonników i podważać ich autorytet moralny w Europie. Sobiescy przechowywali w Żółkwi dwa tomy z tej serii. Podobną funkcję miał anonimowy tekst opublikowany przez Jacquesa Vilebarda w Kolonii w 1683 roku, Le Jésuite sécularisé [Zeświecczony jezuita]. Krytyka zakonu ułożona tu została w dialog między Dorvalem, opatem i doktorem teologii, a Maimbourgiem, tytułowym zeświecczonym jezuitą. Biblioteka żółkiewska zawierała jednak również pisma krytyczne wobec jansenistów, np. Le Janséniste convaincu de vaine sophistiquerie [Jansenista przekonany o próżnej sofistyce], kalwinisty Pierre’a Jurieu (1637-1713), wymierzone właśnie przeciw Arnauldowi.
Na podstawie samego katalogu bibliotecznego nie sposób wywnioskować, co myśleli o książkach ich czytelnicy. Wiemy jednak, że Jan III utrzymywał kontakty z jezuitami, nadto uczynił jednego z nich, Adama Adamandego Kochańskiego, opiekunem swojej biblioteki. Sobiescy w swoich zbiorach mieli także wiele druków jezuickich autorów szczególnie poważanych w ówczesnej Europie, jak np. Il Christiano Istruito nella Sua Legge [Chrześcijanin wykształcony w swoim prawie] słynnego włoskiego kaznodziei Paola Segneriego (1637-1713). Tym bardziej wydaje się warte zauważenia, że gromadzili również dzieła wobec jezuitów polemiczne, a nawet obraźliwe, że poczynili starania, by zdobyć książki, które prezentują racje drugiej strony.