Król Jan III zmarł w swojej ulubionej rezydencji w Wilanowie, prawdopodobnie w pomieszczeniu, w którym w XIX wieku wybudowano kaplicę. Ostatni dzień jego życia zrelacjonował ks. Jan Ambroży Skopowski, dominikanin, spowiednik króla (zapis z 10 marca 1740 roku, nieznanego autora według relacji Dominikana P P. Witto, któremu z kolei całą historię przekazał ksiądz Skopowski):

Dnia zaś 17 tegoż miesiąca [czerwca, 1696 roku], w który dzień tego roku odprawowała się uroczystość Przenayświętszey Troycy, wstawszy między ósmą y dziewiątą godziną na pułzegarzu z rana, kazał się w krześle po ogrodzie nosić, o czym gdy było dano znać Królowey Imci, (…) poszła była do ogrodu za nim (…). Jakoż gdy uczuła, że wiatr przykro chłodny powiewał, prosiła go, aby się tam kazał zanieść y posadzić, gdzieżby mu wiatr nie mógł dokuczać, co gdy uczynił, prosiła go, aby się tamże siedząc posilił, uprzedzając paroxyz gorączki, którego się z pewnych znaków spodziewać było potrzeba.

Kazał tedy był polewki posilaiącey przynieść y kilka jaiec, czym posiliwszy się na tymże miejscu, kazał się nieść do swego pokoju a po małey chwili mszy świętey według codziennego zwyczaju swego w tymże pokoju (…) nabożnie wysłuchał; potem odprawiwszy dwoje zwyczayne modlitwy, rozmawiał z stojącemu poza sobą. Między godziną trzecią y czwartą popołudniu, kazał był sobie wina przynieść, które gdy mu królewicz Imci Alexander, będąc na ten czas przytomnym podał, napił się trochę y znowu rozmawiał, ale coraz bardziey słabiał, nakoniec tak wielka nań słabość przypadła, że się aż na ziemię z dziennego łóżeczka, na którym siedział zsunąć się musiał y iuż więcey nie mógł przemówić. To widząc Imci Xiądz biskup Płocki [Andrzej Chryzostom Załuski], będąc tam przytomny, zawołał na niego, aby pamiętał o Bogu i żałował za to, że go kiedy obraził y aby dał znak, że rozgrzeszenia żąda, co gdy uczynił ścisnąwszy mu rękę, rozgrzeszenie otrzymał od tegoż Imci Xiędza biskupa Płockiego. Doktorowie przybiegłszy czynili to wszystko, cokolwiek rozumieli bydź pomocnego do otrzeźwienia w takowym przypadku, ale gdy nic nie pomagało y zdało się, jakoby iuż konać począł, kapłani według zwyczaju katolickiego oley na niego włożyli y zalecali Bogu – iak zwyczajne modlitwy – z ciała wychodzącą duszę. Krolowa zaś do swego odprowadzona pokoju gorąco prosiła Boga, aby Króla Imci ieszcze do życia przywrócił, przynaymniey na tak wiele czasu, jakoby go wiele potrzeba było do uczynienia spowiedzi y maiąc wielką ufność w przyczynie sługi Bożego Innocencyusza XI papieża, odrobinkę agnus Dei od niego poświęconego przysłała przez Imci Xiędza biskupa Płockiego, aby na konającym położona była (…); gdy ta odrobinka agnus Dei w usta Krola Imci włożona była, w kilka momentów poczuł Krol Imci stękać, doktorowie też znowu poczęli ratować jak mogli osłabiałe siły y tak cudownym sposobem przywrócił mu Bóg życie y przez kilka godzin dał taką rzeźwość, jakiey dosyć było na dokończenie pobożnego żywota, według zwyczaju katolickiego.

Między ósmą a dziewiątą godziną zawołany był spowiednik [Jan Ambroży Skopowski] po południu, który odszedł był na chwilę do swoiey stancyi, widząc Krola Imci iuż dobrze rzeźwego. (…) Gdy tedy opowiedział tak, co się z nim działo y o ktorey godzinie y jako iuż oley święty był na niego włożony, rzekł Krol Imci z wielkim nabożeństwem ręce złożywszy: niech czyni Bóg z stworzeniem swoim, co mu się podoba. W tym zaczął mówić po łacinie powszechną spowiedź, po którey zmowieniu y uczynieniu rzetelney spowiedzi, dał mu rozgrzeszenie spowiednik.

(…) To nasz Nayiaśnieyszy Pan Nayiaśnieyszemu Potomstwu swemu daiąc mu błogosławieństwo za testament zostawił y kazał imieniem swoim upomnieć y obowiązać miłością oycowską, aby Królowę Ichmość Matkę swoią wzajemnie kochali y szanowali y żeby zawsze maiąc w pamięci przykazanie, przestrzegli wszelkiey sprawiedliwości.

(…) Przypomniał tedy spowiednik modlitewki, które się mu w takiey czasu okoliczności zdały bydź najprzyzwoitsze, (…) a Król Imci powtarzał za nim (…).

Tak tedy trzymając ręce y oczy podniesione do góry przez kilka dobrych pacierzy, konać począł. Spowiednik zaraz drzwi otworzył y weszli Ichmość Xięża Biskupi Poznański [Stanisław Jan Witwicki], Płocki, Inflandzki [Mikołaj Popławski] y inni z nimi kapłani, aby zwyczaynemi modlitwami ratowali z ciała wychodzącą duszę. Lekko tedy, bez żadney ciężkości umarł.

Za: Leszek Sługocki, Zgon króla Jana III Sobieskiego. Ocena źródeł, Łódź 2005, s. 40-45.